O Conselho Científico é o órgão de apoio do Director da FLCS, em matérias relacionadas com actividades científicas da FLCS. É presidido pelo Director-Adjunto para a Pós-Graduação e composto pelos seguintes membros: Director-Adjunto para a Investigação e Extensão, Director-Adjunto para a Pós-Graduação, Director-Adjunto para a Graduação, Um representante de cada Departamento Académico e pelos directores de Centros Internos da FLCS.
O Conselho Científico reúne-se, ordinariamente, uma vez por trimestre, de acordo com um calendário aprovado no início de cada ano e, extraordinariamente, quando convocado, por iniciativa do presidente ou por um terço dos seus membros. Os membros do Conselho Científico da FLCS têm um mandato de três anos, renovável uma única vez.
1. Compete ao Conselho Científico da Faculdade, sem prejuízo de outras actividades, realizar as seguintes actividades:
2. Compete, igualmente, ao Conselho Científico da Faculdade propor ao Conselho da FLCS a aprovação das suas normas de organização e funcionamento.